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Shinji Ikari

Shinji wird unerwartet von seinem Vater gerufen, der ihn nach dem Tod der Mutter im Alter von 4 Jahren im Stich ließ und ihn bei seinem Lehrer unterbrachte. Das Interesse von Gendo Ikari ist nicht persönlicher Art. Shinji ist das "Third Children", eines von bis dato drei gefundenen Kindern, die in der Lage sind, mit den Evas zu synchronisieren und sie zu steuern. Während des Angriffs des dritten Engels muß er sich entscheiden, ob er in den Eva 01 steigt, weigert sich zuerst und ändert erst seine Meinung als die schwerverletzte Rei Ayanami für ihn einspringen soll. Unbeholfen gewinnt Shinji den Kampf, da sein Eva 01 in einem Amoklauf den dritten Engel vernichtet. Tojis Schwester wurde dabei verletzt, doch dessen Wut verraucht, nachdem er Shinjis zweitem Kampf beiwohnen konnte und sein Leid dabei sah. Shinji, Toji und Kensuke wurden Freunde.
Shinji versucht immer wieder NERV zu entkommen, besinnt sich aber letztendlich wieder auf seine Aufgabe. Er ist ein guter Mensch, selbst wenn er sich für feige und armselig hält. Er macht sich Sorgen um seine Mitmenschen und schafft es selbst die unnahbare Rei für sich zu gewinnen.

Some truths can hurt if a person is not ready to hear them